Margarethe Teresa von Spanien und ihr Ehemann, Kaiser Leopold I. von Habsburg, waren eng miteinander verwandt. Ihre Verwandtschaftsbeziehungen waren wie folgt:
1. Onkel und Nichte: Margarethe Teresa war die Nichte von Leopold I. Ihre Mutter, Maria Anna von Österreich, war die ältere Schwester von Leopold I., also war Leopold der mütterliche Onkel von Margarethe Teresa.
2. Erstgradige Cousins: Margarethe Teresa und Leopold I. waren auch erstgradige Cousins väterlicherseits. Margarethe Teresas Vater, Philipp IV. von Spanien, und Leopold I.s Vater, Ferdinand III., waren Brüder, beide Söhne des Kaisers Ferdinand II. und von Maria Anna von Bayern.
Diese engen Verwandtschaftsbeziehungen spiegeln die Heiratspraktiken der europäischen Königshäuser der Zeit wider, die oft Familienmitglieder heirateten, um die Macht und die dynastischen Allianzen innerhalb derselben Familie aufrechtzuerhalten.