大教堂内部非常宽敞，有三个中殿，长55米，高30米。
中殿由两个柱廊划分，每个柱廊有12根柱子，均由拜占庭采石场出产的华丽大理石制成。每根柱子都安放在一个重要的平行椭圆形底座上，顶部的柱头雕有穿孔刺桐叶图案。
中殿两侧的拱门上方是18世纪描绘拉文纳大主教的壁画。
现在您可以前往天顶，那里保存最完好的马赛克装饰，后者以金色和绿色为主色调，吸引了您的注意力。
中殿中央有一个浅色大理石祭坛，传说是为安放圣·阿波利纳里斯的遗体而建。据说，卡马尔多利的圣罗穆拉德在这个祭坛祈祷时，曾两次看到圣人的幻象。
现在敬请驻足，您越来越接近天顶。
首先从下方观察天顶前的拱门。两边是路加和马太这两位圣人。紧接着是加百列和米迦勒这两位天使，然后是呈每边六只排布的十二只羊，它们正离开伯利恒和耶路撒冷城，前往祝福基督的途中。
现在，请将目光移向天顶的拱顶。中央矗立着一个蓝色圆环，镶嵌着99颗金银星，中间是一个镶嵌着宝石的十字架。如果你仔细观察后者，就会发现在两臂的交汇处有一张基督的脸。这个场景刻画了基督在泰伯山上的变容。事实上，穹顶的两侧是先知以利亚和摩西的半身像，而在他们的上方，上帝的手穿过云层指向他的儿子。
下部场景以圣·阿波利纳莱为中心，周围围绕着羊群（即信徒），背景是一个美丽的花园。有三只羊被放在更高的地方，与其他羊分开。它们也和“变容”有关，代表了见证这一事件的使徒彼得、雅各和约翰。
下面大窗户两侧的四个人物分别是主教乌尔西基努斯、乌尔苏斯、塞维鲁斯和埃克利修斯。看看该区域的两侧，左侧是拜占庭皇帝君士坦丁四世授予拉文纳教堂特权的场景；而右侧则描绘了《旧约》中的圣经人物献祭的场景。
奇闻轶事：圣·阿波利纳莱的长袍上点缀着金色的蜜蜂，其中蜂巢代表教堂，蜜蜂代表信徒。
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