现在您身处大庭院，从这里您可以看到教堂后殿宏伟壮观的整体结构。大庭院是修道院的核心：它将教堂与睡觉、吃饭、聚会和学习的建筑连接起来。在这里，修道士可以行走和祈祷：划定并有遮盖的空间让人联想到教堂和尘世，而中央的空间向天空之光敞开，则让人联想到上帝的无限维度。
现在按下暂停键，到露台上看看景色，参观宝藏博物馆，然后进入上教堂。
在这里，您可以感受到与下教堂完全不同的气氛：空间宽敞，无数大型彩色窗户散发着温暖、多变和神秘的光线， 并辉煌地照耀着后殿。仿佛要通过这两个叠置的教堂，来讲述人类生存的道路：在下层教堂里，有一种尘世，黑暗和痛苦的体验；在上层教堂中，生命被信仰所照亮。
这样，在单一座建筑里将尘世和精神的体验结合起来，表明只有通过自愿和欢乐地接受下层教堂所表现的牺牲，才能得到上层教堂所表现的绝对快乐。
终于，您即将看到讲述圣方济各生平的壁画，它们是整个中世纪最著名的壁画。那个时期的重要绘画大师从十三世纪末期开始在那里工作，特别是齐马步埃（Cimabue）和乔托（Giotto），前者的作品是教堂尽头的幻想性壁画，后者的作品则是沿着墙壁的生平故事壁画。
不幸的是，1997年一场的大地震严重破坏了这座教堂，使得穹顶坍塌并造成四人死亡。在瓦砾中至少收集了20万块作品的碎片：这些碎片经过精心划分，然后重新组合，仿佛拼砌一个巨大的拼图一样，然后用特殊的支撑物将它们粘在一起。
趣闻：您知道为什么贝尔格里奥（Bergoglio）教皇为什么选择自称“方济各”吗？为了解释他的名号，他说：“我希望教会是一个贫穷的教会和救助穷人的教会！因此我称自己为方济各，就像阿西西的方济各一样，他是一个贫穷的人，一个和平的人。他是热爱和维护造物主的人；今天我们与造物主的关系并不太好......”
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