自然，教堂是修道院建筑群的心脏：通过庭院进入，那道14世纪的门廊，在16世纪末期经过重修。门拱数量从五个减少至三个，门廊两边开了两个小堂：圣若瑟小堂(cappella di San Giuseppe) 和 玫瑰经小堂(cappella del Rosario)。在正立面的上方，你可以看到一个简单的结构，中央大窗两侧有两对半圆柱。
教堂内部不大，但非常精彩，只有一个大殿，两侧有六个小堂，是在古老的哥特式教堂的侧殿上建起的。大理石，粉饰灰泥，镶嵌，尤其是绘画和湿壁画等各种装饰是如此丰富，你会觉得自己仿佛置身于一个17世纪那不勒斯画派的美术馆中。大殿的装饰画、唱诗台，还有华丽的侧边小堂。
请沿着柱子欣赏胡塞佩·德·里贝拉（Jusepe de Ribera）的 十二先知组画（Ciclo dei dodici Profeti），这位西班牙画家主要活跃于那不勒斯。
在主祭坛附近，我们可以欣赏到巴蒂斯特洛·卡拉乔洛（Battistello Caracciolo ） 《洗脚》（Lavanda dei piedi） 对面是同样壮观的里贝拉作品《使徒圣餐》 ，在内立面里，陈列着马西莫·斯坦慈恩（Massimo Stanzione）《从十字架上放下基督》（Deposizione di Cristo ） ，两侧是两幅里贝拉的大型油画： 《摩西》（Mosè ） 和 《埃利亚》（Elia）。
通过这些油画，你可以了解到，17世纪的那不勒斯画派，是如何追随卡拉瓦乔的现实主义，过渡到具有强烈叙事性和戏剧性的绘画风格，并将逐渐打开18世纪清新明澈的色彩。
你还可以与艾米利亚及意大利中部的画家进行一个有趣的对比：大殿的拱顶装饰着一组艾米利亚画家乔万尼·兰弗朗克的组画，而在后殿的墙壁上，则有博洛尼亚画家圭多·雷尼的 圣诞（Natività） 。
最后，在教堂后殿穿过豪华的过道，你会来到流光溢彩的珍宝小堂，天花板上有一幅精彩绝伦的湿壁画，那就是那不勒斯大画家卢卡·乔尔丹诺的最后一幅作品 《朱迪斯的胜利》 （Trionfo di Giuditta），画家在完成作品一年后去世。
小花絮：圣玛蒂诺修道院拥有全城唯一可以尽览那不勒斯湾的地点，就是波斯利波钟楼（Punta Campanella a Posillipo）的塔尖。
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