与大多数方济各会教堂一样，为了容纳众多的信徒，圣克莱尔教堂的内部也很简单，只有一个中殿，狭窄而高大。这样，那些在场的人更容易听到修士们的话语。
请前往圣乔治礼拜堂（Chapel of San Giorgio），在那里保存了在圣达米亚诺小教堂（Church of San Damiano）向圣方济各说话的“十字架（Crucifix）”画像！要知道，当时方济各正沉浸在祈祷中，突然他听到一个声音说：“方济各，您没有看到我的圣堂正在倒塌吗？去修理它吧”。起初方济各以为指的是非常老旧的宝尊堂（Porziuncola），他立即修复了教堂。但是后来他更深刻地理解了这个信息：重建耶稣真正的家，也就是教会。因此，方济各向教会重新赋予真正的精神价值，它们一度在政治斗争中妥协了。
看看基督：他被钉在十字架上，直立，活着，目光炯炯：这意味着他已经战胜了死亡。在他的右边，您可以看到圣母玛丽亚和圣乔治：与围绕十字架周围的所有其他人物一样，他们看起来并不难过，几乎是在微笑，因为他们参与了对于基督教而言是人类历史上最重要的事件。
在大祭坛上方挂着另一幅巨大的《耶稣被钉十字架（Crucifix）》。但是这一次基督已经死亡，身体显著拱起。它画于十三世纪，即《圣达米亚诺的十字架》的两个世纪后，当时画家们开始强调人类死亡和痛苦的层面。这是一位被称为“圣克莱尔大师”的无名大师的作品。
在祭坛周围有一个优雅的凉廊。请数一下柱子的数目：共有十二条，与聚集参加圣餐典礼的使徒数目一样。
在高处，您可以看到“圣克莱尔大师”的精美壁画和墙上的其他一些绘画作品：也许教堂本来装饰得很漂亮，就像圣方济各教堂一样，只是如同经常发生的那样，时间和人类抹去了一切。
跟您说再见之前，我告诉您一个趣闻：如果您仔细观看《圣达米亚诺十字架》，您可以看到带着白色头饰的男子面孔旁边有一个极小的面孔。有些人认为他是这幅在千禧年之后创作的画的作者。
