现在您进入了下教堂：外部的光线使得安放圣人遗体的神秘世界的入口更迷人，仿佛一个宝箱。今天的电灯取消了这一步的效果，但试着想象一下，这些光线对于那些来自远方、在油灯的摇曳闪烁灯光中接近这位改革了信奉上帝方式的圣人的古代朝圣者可能造成的深刻印象。
当时的下教堂是一个神秘而奇妙的地方，圣方济各的遗骸一度埋藏在教堂的地下墓室。在十九世纪， 这些遗骸被发现，并可以通过至今仍然使用的楼梯去瞻仰，但过去圣人的存在只是通过祭坛和悬挂在它上面的明亮壁画表明。
抬眼望向祭坛，您会在金色的背景上看到关于方济各会主义基本理念的描绘：也许是他那个时代最著名的画家乔托在某位睿智的方济各会神学家的指导下绘画的。在众多的人物中，如果配备双筒望远镜更好，您会看到一个奇怪的场景：在旁边的耶稣的温柔注视下，方济各将一枚婚戒戴在一位衣衫褴褛的瘦削女子手上。观察她脚下的荆棘：您会看到在她身后变成玫瑰，象征着一件不愉快的事情会变得美好。它代表了圣人与贫穷的神秘婚姻：不拥有任何东西是方济各会的精神价值之一。
但是方济各的外貌是怎样的呢？请向右边走，在巨大的拱顶下方，乔托在他的画坊的众多画家的帮助下，描绘了基督的生平事迹。
请按下暂停键，寻找一幅看起来有些不同的壁画：由齐马步埃（Cimabue）绘画的、名为《圣座上的圣母子与圣方济各及四位天使（Madonna Enthroned with the Child, St. Francis and four angels）》的壁画。
画的右边是方济各，他站立着，穿着破旧的衣服，带着明显的圣痕。但是最引人注目的是他的脸庞，带着令人难以置信的招风耳，也许是一幅真实的肖像！
趣闻：在圣人的坟墓附近，燃烧着意大利各市镇轮流供奉的油灯。每年都使用由一个不同的市镇所供奉的油在10月4日的庄严守护神节点亮。
