El gran interior de la basílica está dividido en tres naves de 16 magníficas columnas de mármol. En línea con la cúpula, las columnas se disponen por parejas para soportar mejor el peso. Si observas los capiteles de las columnas, parecen florecer, pero si miras con atención, verás aparecer la cabeza de un apóstol.
Después de la caótica fachada, aquí se percibe una sensación de calma y pureza. El espacio es amplio y luminoso, bañado por la luz que entra por el rosetón o por la linterna de la cúpula, que simboliza la irrupción del esplendor divino. Gracias a esta luz, la iglesia parece acogedora y esta belleza se ve reforzada por el magnífico techo artesonado que parece mágicamente suspendido, con elementos dorados que brillan como estrellas. En el centro del techo se ve el lienzo de la Trinidad de Giovanni Grassi, flanqueado por los emblemas de la orden de los celestinos, a la que pertenecía a la iglesia.
El arquitecto, Gabriele Riccardi, el mismo que construyó la parte inferior de la fachada, quiso representar el contraste entre el mundo exterior, caótico, y el purificado por la luz de la fe.
El altar central es del siglo XVIII y proviene de la iglesia de los Santos Nicolás y Pablo. Los dos altares laterales son originales. A la izquierda se ve el dedicado a San Francisco de Paula, obra maestra de Francesco Antonio Zimbalo de 1614, donde las columnas, adornadas con una detallada decoración floral, encierran doce paneles con escenas de la vida del santo. El altar está considerado la máxima expresión de la escultura de Lecce. A la derecha está el altar de la Santa Cruz, obra del escultor Cesare Penna, al igual que el rosetón.
Como puedes ver a lo largo de los pasillos laterales, hay siete capillas profundas a cada lado, dentro de las cuales hay otros altares ricamente decorados. En total, la iglesia cuenta con dieciséis altares barrocos.
Curiosidad: si miras detrás de la esquina derecha de la fachada de la iglesia, verás que se completa con una especie de pilar que parece incorporar una columna. Es una característica de la arquitectura de Lecce que, según algunos estudiosos, simboliza a la Iglesia, es decir, el pilar cuadrado que engloba el mundo pagano, representado por la columna lisa en su interior.
