Nada más entrar, quedarás abrumado por la sensación de majestuosidad del interior, determinada por el deslumbrante brillo del oro que cubre todas las paredes.
La iglesia está formada por tres naves divididas por dos filas de magníficas columnas que sostienen recargados capiteles. El magnífico suelo de mármol, con incrustaciones de pórfido y granito, se terminó en el siglo XVI, mientras que el colorido techo de madera fue reconstruido en gran parte después del incendio de 1811.
Los mosaicos son el orgullo de la iglesia y cubren prácticamente toda la superficie, ya que se extienden sin interrupción a lo largo de 6.340 metros cuadrados. Se cree que se realizaron en gran parte entre 1180 y 1189, año de la muerte de Guillermo II, a la que siguió un período de revueltas.
El ábside central está dominado por la grandiosa imagen del Cristo Todopoderoso, que parece irradiar toda la luz dorada de la iglesia. Es una figura majestuosa que bendice a los fieles con la mano derecha, pero como se puede ver en la obra subyacente de la Virgen entronizada con su hijo, la inmensidad de Cristo se hace humana gracias a la encarnación en el pequeño Jesús que ofrece María, como si fuera un pequeño emperador, para que los devotos lo adoren.
Los dos ábsides laterales están dedicados a las Historias de Pedro y Pablo, que simbolizan la iglesia y la predicación, con episodios relacionados con sus vidas.
En las paredes de la nave central se representan episodios del Antiguo Testamento, que deben contemplarse desde la Creación del Cielo y de la Tierra, arriba, a la derecha del arco triunfal sobre el que se sitúa la Anunciación. En las naves laterales se suceden episodios del Nuevo Testamento, comenzando siempre desde el lado derecho, cerca de los ábsides.
Las paredes de la iglesia son una especie de libro magnífico que ilustra la historia del hombre desde la Creación hasta la Salvación, pasando por el Pecado, gracias al sacrificio de Cristo.
Curiosidad: en el pilar a la derecha del altar, en la pared situada sobre el trono real, se encuentra el mosaico con Cristo coronando a Guillermo II, frente al de Guillermo II ofreciendo a la Virgen la Catedral de Monreale, situado sobre el trono del obispo; una propaganda explícita de la figura del soberano premiado por el favor divino. De hecho, el mosaico subraya que el poder del soberano deriva directamente de Dios y no necesita intermediarios.