Les grands protagonistes de l'art européen de la Renaissance et ceux du Baroque s’affrontent dans les plus grandes salles du musée. Ces dernières abritent les toiles de très grandes dimensions et offrent au visiteur un aménagement à la foi somptueux et confortable avec des canapés rembourrés, des murs colorés et des barrières de marbre sombre faisant office d'espaceurs.
Pourtant, nombreux sont ceux qui préfèrent passer plus de temps à visiter les petites salles qui entourent les salons majestueux, où la solennité véhiculée par la « grande peinture », héritage des collections impériales des Habsbourg, se fait plus discrète. Ici, on a presque l'impression d'être en contact plus étroit avec les peintures. Ce sont souvent des chefs-d'œuvre, qu’il convient de découvrir l’un après l’autre.
Parmi les œuvres les plus mystérieuses et les plus fascinantes, figure certainement un tableau de Giorgione, traditionnellement intitulé « Les trois philosophes ». Peint vers la fin de la courte vie du peintre vénitien, le tableau représente trois hommes immergés dans la nature à l'orée d'une forêt au coucher du soleil. Le plus jeune, assis, semble scruter les profondeurs d'une grotte, le plus âgé tient des diagrammes avec les phases de la lune. De nombreuses interprétations ont été faites sur l'identité des personnages : symbolisent-ils trois âges différents de l'homme ? Ou trois continents (Europe, Asie et Afrique) ? Ou bien s’agit-il des trois rois mages qui attendent la tombée de la nuit pour observer l'étoile comète dans le ciel ? Le mystère d'une peinture aussi fascinante n'a pas encore été percé !
Curiosité : parmi les trésors du musée, dans la salle 8, se trouve le célèbre « L’Été » de l'artiste italien Arcimboldo, qui a travaillé comme peintre de la cour à Vienne. Cette peinture est très particulière car la figure, représentée avec des traits humains, est composée de fruits et de plantes. Elle fait partie d'une série de quatre tableaux sur les saisons dans lesquels Arcimboldo, dans un esprit ludique, a voulu transmettre une réflexion sur la relation entre l'homme et la nature.