Comme dans la plupart des églises franciscaines, conçues pour accueillir de nombreux fidèles, l'intérieur de la basilique Sainte-Claire est simple, composée d'une seule nef haute et étroite. Cela permettait aux présents de mieux entendre les mots des frères.
Rendez-vous dans la chapelle de saint Georges, où vous trouverez le Crucifix qui parla à saint François dans la petite chapelle Saint-Damien. Le saint était plongé dans la prière lorsqu'il entendit une voix lui dire : « François, tu ne vois pas que ma maison est en ruines ? Va donc la rebâtir. » Dans un premier temps, François pensa qu'il faisait référence à la très ancienne église de la Portioncule, qu'il commença immédiatement à restaurer. Mais il comprit ensuite le message, bien plus profond : Jésus l'invitait à rénover sa véritable demeure, l'Église avec un E majuscule. Ainsi, François remit au goût du jour les vraies valeurs spirituelles de l'église, à une époque où elle se trouvait compromise pour des raisons politiques.
Regardez bien le Christ : il est crucifié, mais droit, vivant, les yeux ouverts, pour signifier qu'il a vaincu la mort. À sa gauche, vous pouvez voir Marie et saint Jean : comme tous les autres personnages qui entourent la croix, ils ne semblent pas tristes mais presque souriants, car ils participent à ce qui est pour le christianisme l'évènement le plus important de l'histoire de l'humanité.
Un autre Crucifix triomphe au-dessus de l'autel. Mais cette fois, le Christ est représenté mort, avec son corps tordu. Il fut peint au 13e siècle, deux siècles après le Crucifix de saint-Damien, quand les peintres commencèrent à mettre l'accent sur la dimension humaine de la mort et de la douleur. C'est l'œuvre d'un maître inconnu, appelé maître de Sainte-Claire.
Autour de l'autel se trouve une élégante petite loggia. Comptez ses colonnes : elles sont douze, comme les apôtres, réunis autour de la célébration de l'Eucharistie.
En haut, vous pouvez voir de superbes fresques du maître de Sainte-Claire et, sur les murs, d'autres fragments de peintures : l'église était sans doute magnifiquement décorée, comme celle de Saint-François, mais tout a été effacé après le passage du temps et des hommes.
Curiosité : en observant le Crucifix de Saint-Damien, vous trouverez un petit visage à côté de celui de l'homme au couvre-chef blanc. Certains y reconnaissent l'auteur de la peinture, réalisée après l'an Mille.
