La Madeleine pénitente de Donatello est l'une des œuvres essentielles de la sculpture de la Renaissance abritées par ce musée. Sculptée sur bois, cette sculpture représente la sainte sous un aspect amaigri et rongé par la pénitence, avec une expression à la fois de souffrance et de dévotion. C'est l'une des dernières œuvres de Donatello.