L'intérieur de la Basilique est grandiose et ses trois nefs sont partagées par 16 sublimes colonnes en marbre. Les colonnes sont placées en paires en dessous de la coupole, pour mieux en supporter le poids. Les chapiteaux des colonnes sembleront fleurir mais, si vous regardez bien, vous verrez pointer la tête d'un apôtre.
Après avoir admiré la façade chaotique, vous serez ici envahis d'une sensation de calme et de pureté. L'espace est ample et superbe, inondé par la lumière qui irradie par la rosace ou qui se déverse à travers la lanterne de la coupole, et qui symbolise le déferlement de la splendeur divine. Grâce à cette lumière, l'église est accueillante et sa beauté est exaltée par le superbe plafond à caissons qui est comme suspendu, avec des éléments dorés qui brillent comme des étoiles. Au centre du plafond, vous verrez la Trinité de Giovanni Grassi, ainsi que l'emblème de l'ordre des Célestins, auquel appartenait l'église.
L'architecte Gabriele Riccardi, qui a également construit la partie inférieure de la façade, a voulu représenter le contraste entre le monde extérieur, chaotique, et le monde purifié par la lumière de la foi.
L'autel central date du 18e siècle et provient de l'église des Saints Nicolas et Paul. Les deux autels latéraux sont quant à eux originaux. À gauche, vous verrez celui consacré à Saint François de Paule, chef-d'œuvre de Francesco Antonio Zimbalo de 1614, où les colonnes ornées d'un décor floral encadrent douze panneaux représentant des scènes de la vie du Saint. L'autel est considéré par de nombreuses personnes comme la meilleure expression de la sculpture de Lecce. Sur la droite se trouve en revanche l'autel de Santa Croce, œuvre du sculpteur Cesare Penna, à qui l'on doit aussi la rosace.
Comme vous pouvez le voir, le long des nefs latérales, sept profondes chapelles s'ouvrent de chaque côté : à l'intérieur, vous verrez d'autres autels richement décorés. Au total, l'église accueille 16 autels baroques.
Curiosité : en regardant derrière le coin droit de la façade, vous verrez qu'elle se termine par une sorte de pilier qui semble englober une colonne. C’est une caractéristique de l'architecture de Lecce qui, selon des spécialistes, symbolise l'Église : le pilier carré engloberait le monde païen, c'est-à-dire la colonne lisse qu'elle accueille à l'intérieur.
