Margherita Teresa di Spagna e il marito, l'imperatore Leopoldo I d'Asburgo, erano strettamente imparentati. I legami di parentela tra loro erano i seguenti:
1. Zio e nipote: Margherita Teresa era la nipote di Leopoldo I. Sua madre, Maria Anna d'Austria, era la sorella maggiore di Leopoldo I, quindi Leopoldo era lo zio materno di Margherita Teresa.
2. Cugini di primo grado: Margherita Teresa e Leopoldo I erano anche cugini di primo grado da parte paterna. Il padre di Margherita Teresa, Filippo IV di Spagna, e il padre di Leopoldo I, Ferdinando III, erano fratelli, entrambi figli dell'imperatore Ferdinando II e di Maria Anna di Baviera.
Questi stretti legami di parentela riflettono le pratiche matrimoniali delle famiglie reali europee del tempo, che spesso sposavano membri della famiglia per mantenere il potere e le alleanze dinastiche all'interno della stessa cerchia familiare.
