La Chiesa dei Dodici Apostoli, caratterizzata da 5 splendide cupole, era un ambiente privato riservato ai Patriarchi. Era abbellita da una notevole parete in legno riccamente decorata, che purtroppo non si è conservata, ma è stata sostituita da un’altra proveniente dalla vicina Cattedrale dell’Ascensione, risalente al ‘700. Nella chiesa sono esposte preziose icone, capolavori di maestri russi del ‘600, molte delle quali realizzate proprio nei laboratori del Cremlino.