L'11 settembre 2001, esattamente 60 anni dopo la posa della prima pietra nel 1941, il Pentagono è stato colpito sul lato occidentale dal Boing 757 dell’American Airlines dirottato dai terroristi di Al Qaeda. L’attentato causò 189 vittime: 59 tra passeggeri e personale di volo dell’aereo, più i cinque attentatori a bordo, e ben 125 persone all’interno dell’edificio.
L’11 settembre è stato il primo serio attacco straniero alle strutture governative di Washington da quando la città venne bruciata dagli inglesi durante la guerra del 1812.