Zwei wichtige Kapellen, die Sie dank der Ausschilderung leicht finden werden, beherbergen die monumentalen Gräber von Königen und Kaisern, die nach dem Wiederaufbau der Basilika hierher verlegt wurden.
Der erste Sarkophag mit einem Baldachin aus Porphyr gehört Heinrich VI., der von 1189 bis 1197 Kaiser des Heiligen Römischen Reiches und Vater des großen Friedrich II. war. Die Wahl des Porphyrs ist kein Zufall: Es handelt sich um einen sehr harten Stein, der für die wichtigsten Denkmäler verwendet wurde, die auch im byzantinischen Reich den Kaisern vorbehalten waren.
Hinter dem Sarkophag Heinrichs VI. sieht man den seiner Frau Konstanze von Sizilien, der ebenfalls aus Porphyr ist und dessen Baldachin ein prächtiges Mosaik ziert.
Ein alter römischer Sarkophag aus weißem Marmor, verziert mit einer Jagdszene, beherbergt hingegen Konstanze II. von Aragón, die erste Frau Friedrichs II. In ihm wurde die äußerst kostbare Krone gefunden, die man als Teil des faszinierenden Schatzes der Kathedrale bewundern kann.
Der prächtige Porphyrsarkophag mit halbkreisförmigem Boden, der von vier Löwen getragen wird, die menschliche Figuren zwischen ihren Beinen halten, und der von einem monumentalen Baldachin mit sechs roten Marmorsäulen überragt wird, ist das Grab des 1250 verstorbenen Friedrich II. Auch König Peter II. von Aragonien wurde dort 1352 begraben, ebenso wie eine unbekannte Frau.
Dahinter, geschützt durch einen mit Mosaiken reich verzierten Baldachin, befindet sich das Grab von Roger II., dem ersten König von Sizilien, der 1154 starb und Großvater Friedrichs II. war. Es besteht aus Porphyrplatten und wird von Telamonen getragen, männlichen Figuren, die aus Marmor gefertigt sind. Der letzte auf der linken Seite ist der Sarkophag von Wilhelm von Aragón, der 1338 starb. Der Verstorbene ist als Zeichen der Hingabe mit einem dominikanischen Gewand gekleidet.
Zwei Sarkophage, die einst Roger II. der Kathedrale von Cefalù gestiftet hatte, ließ Friedrich II. später hierher transportieren. Dabei handelte es sich wahrscheinlich um den von Heinrich VI. und einen leeren für seine spätere Bestattung.
Und noch eine Kuriosität: Die Mutter von Friedrich II., Konstanze, war vierzig Jahre alt, als sie schwanger wurde. Da die Bevölkerung die Möglichkeit einer Schwangerschaft in diesem Alter stark anzweifelte, sah sich die Königin gezwungen, ihren Sohn öffentlich in einem Zelt auf dem Marktplatz in Jesi zur Welt zu bringen, um jegliche Zweifel auszuräumen. So die Legende.