Margarita Teresa de España y su esposo, el emperador Leopoldo I de Habsburgo, estaban estrechamente relacionados. Sus lazos de parentesco eran los siguientes:
1. Tío y sobrina: Margarita Teresa era la sobrina de Leopoldo I. Su madre, María Ana de Austria, era la hermana mayor de Leopoldo I, por lo que Leopoldo era el tío materno de Margarita Teresa.
2. Primos de primer grado: Margarita Teresa y Leopoldo I también eran primos de primer grado por parte paterna. El padre de Margarita Teresa, Felipe IV de España, y el padre de Leopoldo I, Fernando III, eran hermanos, ambos hijos del emperador Fernando II y de María Ana de Baviera.
Estos estrechos lazos de parentesco reflejan las prácticas matrimoniales de las familias reales europeas de la época, que a menudo se casaban entre sí para mantener el poder y las alianzas dinásticas dentro del mismo círculo familiar.