La "segunda época" de Miguel Ángel en la Sixtina comienza más de veinte años después, cuando Roma ha sido saqueada por los soldados mercenarios alemanes, los temibles lansquenetes, y en un periodo en el que la Reforma protestante comenzaba a poner en riesgo el poder del papa .
Para el pontífice Clemente VII Medici, Miguel Ángel proyectó un inmenso Juicio Final sobre la pared que está por encima del altar de la capilla. Después de muchos experimentos, Miguel Ángel tomó la decisión radical de derribar la pared, incluidos los frescos de Perugino que la decoraban, y reconstruirla dándole una ligera curvatura. Mientras tanto, el papa fallecía y en su lugar era elegido Pablo III Farnese.
Cuando empezó el trabajo en la nueva pared trasera de la Sixtina, Miguel Ángel tenía ya sesenta y dos años, y era un hombre desilusionado y amargado muy diferente del joven rebelde y apasionado que se había enfrentado a los frescos del techo.
Cuando se inauguró la pared del Juicio Final, se convirtió rápidamente en una de las obras más impactantes y controvertidas de la historia del arte.
El fresco cuenta el día del Juicio inapelable, el fin del mundo terrenal. En cierto sentido es lo opuesto a la Creación, pintada por el mismo artista en la bóveda: el gesto de Cristo juez, que separa a los elegidos de los condenados, es muy similar al del Dios Padre que separa la tierra de las aguas. Con una libertad prodigiosa respecto a los cánones tradicionales, respaldada por una experiencia formidable y apasionada, Miguel Ángel te presenta una escena impactante, animada por más de cuatrocientas figuras, en cuyo centro aparece Cristo en un cielo claro y uniforme, sin profundidad de tiempo ni de espacio.
En la parte superior puedes ver dos grupos de ángeles sin alas que portan los símbolos de la Pasión de Cristo. En el centro, dispuestos en semicírculo junto a Cristo, hay varios santos, algunos de los cuales puedes reconocerlos por los instrumentos con los que sufrieron martirio. Más abajo asistes a la lucha entre ángeles y demonios, que tratan de arrebatarse las almas. En la franja más baja, justo por encima del nivel del altar, tienes a la izquierda la resurrección de los cuerpos, con esqueletos que se recubren de carne, y a la derecha la entrada del Infierno.
CURIOSIDAD: cuando el maestro de ceremonias del papa se escandalizó por los desnudos del Juicio Final, Miguel Ángel lo representó como Minos, el juez del infierno. Así que fue a quejarse al papa, pero este le respondió que el infierno estaba fuera de su jurisdicción, por lo que el retrato se quedaría donde estaba.