L'église fut construite vers 1140 pour y loger les reliques de saint Rufin, évêque d'Assise ayant vécu mille ans avant saint François. Observez sa façade : c'est l'un des chefs-d'œuvre de l'architecture romane ombrienne, parfaitement proportionnée dans sa division entre bandes horizontales et éléments verticaux, ornée de trois précieuses rosaces. La rosace centrale est partagée en douze parties, indiquant les mois de l'année et les apôtres, et semble soutenue avec peine par trois figures debout sur des dragons : une allusion à la difficulté de la vie sans la foi. Dans l'église, l'homme trouve le salut, et il y entre en passant par la porte ; à ses côtés, deux lions luttent contre leurs victimes, probablement pour faire allusion aux malfaiteurs qui souhaiteraient entrer. Rappelez-vous que toutes les sculptures médiévales sont riches en significations volontairement mystérieuses. N'oubliez pas l'imposant campanile roman, avec ses étages marqués par des corniches et des arcs.
L'intérieur est moins austère que la façade : il est clair, richement décoré et lumineux, car il fut complètement restauré dans le style Renaissance au 16e siècle.
Les fonts baptismaux ont une grande valeur historique : il suffit de penser que c'est ici que furent baptisés saint François, sainte Claire et peut-être même l'empereur Frédéric II.
Peut-être savez-vous qu'au Moyen-Âge, les reliques, c'est-à-dire les restes vénérés des saints, étaient la richesse des églises et attiraient des foules de pèlerins. Mais vous ne savez peut-être pas que l'on allait jusqu'à les voler ! On raconte que l'évêque d'Assise voulut déplacer le corps de saint Rufin dans une autre église, mais que le peuple s'y opposa. La caisse où reposait le corps du saint, peut-être celle que vous pouvez encore voir dans la crypte, déclencha une compétition de tir à la corde. Seulement sept habitants d'Assise gagnèrent contre les soixante hommes de l'évêque ! Convaincu d'assister à un miracle, l'évêque finit par se raviser.
Curiosité : La dernière semaine d'août, vous pourrez assister au Palio de saint Rufin, une compétition de tir à l'arbalète voyant s'affronter les différents quartiers de la ville. Pour l'occasion, sont installées des expositions, des spectacles de théâtre et la place accueille des stands. Un rendez-vous à ne pas manquer pour les âmes festives !