La deuxième cour, obtenue du remplissage d'un ancien fossé, est la plus sobre et compacte du château. Son apparence actuelle remonte à la moitié du 18ème siècle. Elle est en grande partie utilisée comme résidence du Président de la République Tchèque.
Au centre de la petite place se trouve un puits qui alimente une fontaine baroque. Le côté nord mène au Pont Poudrier, qui franchit le fossé pour atteindre les écuries du 17ème siècle, utilisées aujourd'hui comme salles d'expositions temporaires.
Au sud de la cour s'élève la Chapelle Sainte-Croix, œuvre des années 1700 signée par des architectes italiens. À l'intérieur, admirez le trésor de Saint-Guy, ensemble riche d'objets sacrés dont des reliquaires, des croix, de la vaisselle liturgique et de somptueux vêtements brodés.
Dans l'aile occupée jadis par les écuries, transformée par l'architecte slovène Joze Plecnik en 1929, se trouve la Pinacothèque (Obrazarna), où se trouvent les collections d'art de Rodolphe II. L'empereur avait à son service environ quarante peintres italiens, allemands et flamands, ainsi qu'un réseau international d'antiquaires qui cherchaient pour lui des tableaux sensuels, ses peintures préférées. La collection comprenait près de 4 000 peintures mais, suite à la destruction de Prague durant la guerre de Trente Ans, elle fut en grande partie perdue.
La Pinacothèque a été reconstruite grâce au rachat de nombreuses œuvres originales et de tableaux de style impérial.
Parmi les nombreux tableaux exposés, la section de peinture allemande se démarque, tout comme les chefs-d’œuvre des maîtres du 16ème siècle vénitien, comme Le Titien, Véronèse ou Le Tintoret.
Le 17ème siècle n'est pas en reste, avec un espace réservé comprenant des toiles de Rubens ou de Guido Reni.
Depuis le merveilleux jardin sur la « roche », petit coin de verdure aménagé gracieusement par Joze Plecnik, on peut observer l'extérieur de la Galerie Rudolfinum et de la salle espagnole, toutes deux réalisées entre le 16ème et le 17ème siècle.
Curiosité : Le trésor de Saint-Guy, exposé au public dans la chapelle Sainte-Croix, ne doit pas être confondu avec le bien plus précieux Trésor Royal, qui se trouve dans une chapelle de la cathédrale. Les couronnes, les sceptres et les emblèmes des rois de Bohême sont bien gardés et verrouillés par sept clés différentes. Ils ne sont pas visibles, sinon lors d'occasions particulières, et uniquement en partie.
