Nell’ala che ospitava le scuderie, trasformata dall’architetto sloveno Joze Plecnik nel 1929, si trova la Pinacoteca (Obrazarna), erede delle raccolte d’arte di Rodolfo II. L’imperatore aveva al suo servizio circa quaranta pittori italiani, tedeschi e fiamminghi, e una rete internazionale di antiquari che cercavano per lui soprattutto dipinti sensuali, i suoi prediletti. La collezione giunse a circa 4000 dipinti, ma dopo il saccheggio di Praga durante la Guerra dei Trent’anni la raccolta è andata in buona parte dispersa.
La Pinacoteca è stata ricostituita grazie al riacquisto di molte opere originarie e di dipinti legati al gusto imperiale.
Fra le numerose tele esposte spiccano una sezione di pittura tedesca e capolavori dei maestri del Cinquecento veneziano, come Tiziano, Veronese e Tintoretto.
Uno spazio importante è dedicato al Seicento con tele di Rubens e Guido Reni.
